古くは寺平にあり荒廃していたが、延宝２年（1674）松本城主水野忠直の母清陽院の祈願によりここに堂を建てた。 昭和２３年近火の飛火により類焼、同３３年東大の藤島玄次郎博士の設計により平安後期の御堂形式に再建された。
本尊薬師如来坐像は像高74cm、檜材一木造り、彫眼、神宮寺創建当時の古仏で藤原時代後期の作。
